Namensgeberin für das neu gewonnene Land war Fürstin Sophie Caroline von Ostfriesland. Wo die Harle auf den neuen Deich traf, wurde ein Siel gebaut, das die Entwässerung in die Nordsee gewährleistete. Gleichzeitig legte man in der hufeisenförmigen Deichnische einen Außenhafen an, den heutigen Museumshafen. Bei der Eröffnung im selben Jahr hielt man am Boden des noch trockenliegenden Hafenbeckens einen Gottesdienst ab. Danach begaben sich die Besucher auf die Deichkante, und mit Öffnung des Siels wurde der Hafen geflutet.

Carolinensiel entwickelte sich zum bedeutendsten Umschlagplatz im nördlichen Ostfriesland. Von hier aus wurden die landwirtschaftlichen Produkte der Marsch in die Hansestädte, in die Niederlande und nach Großbritannien exportiert. Über den Hafen importierte man Holz aus Skandinavien, Kohle und Wolle aus England sowie Steine und Kolonialwaren (Zucker, Kaffee, Tee).

Außerdem übernahmen die Carolinensieler die Verteilung von Waren aus Hamburg oder Bremerhaven zu den übrigen norddeutschen Häfen. Ihre kleinen Frachtensegler waren mit dem geringen Tiefgang ans flache Wattenmeer angepasst. Die Schiffe wurden mit drei bis sechs Mann Besatzung häufig in Familienunternehmen betrieben, einige von ihnen überquerten sogar den Atlantik.

In der Mitte des 19. Jahrhunderts erlebte der Hafen seine Blütezeit.

In den Jahren 1861/62 gab es hier allein 40 Kapitäne sowie 35 See- und 24 Wattschiffe. Im Ort waren zwei Werften, zahlreiche Gaststätten und vier Brauereien ansässig. Die weltoffene und großzügige Lebensart der Seeleute "vom Siel" stieß bei ihren bäuerlichen Nachbarn oft auf Skepsis. Die noch heute gebräuchliche Redensart vom "Cliner Wind" meint daher auch nicht die ständig vom Meer wehende Brise, sondern die besonders lebendige Atmosphäre Carolinensiels.